及時使用強流動相清洗色譜柱，特別是使用等度分析方法或者洗脫強度比較低的分析方法時，很容易積累強保留的化合物。
a.對于反相模式（如使用C18柱）：
1).用高比例水相（如80%）沖洗色譜柱5-10個柱體積，以去除管路和色譜柱中的緩沖鹽（如果體系沒有使用緩沖鹽可以省略這一步）；
2).用高比例有機相（如80-90甲醇/乙腈等）沖洗色譜柱10-20個柱體積，必要的時候，可以使用更強的溶劑（如異丙醇或者含少量THF的異丙醇）清洗，再用推薦保存的流動相沖洗后保存。

b. 對于HILIC模式（如使用Diol柱）：
1).用高比例水相（如50%的水，部分HILIC柱有水相比例的******限度，需要仔細閱讀官方說明書）沖洗色譜柱10-20個柱體積，以去除管路和色譜柱中的緩沖鹽，并清洗色譜柱；
2) .按照推薦保存的流動相沖洗后保存。

Comix系列混合模式色譜柱：
對于含有強堿性基團的固定相，如：

必須需要在弱酸性條件下使用和保存，因為強堿性基團會在硅膠表面形成強堿性環境而破壞硅膠基質。
對于含有酸性基團的固定相，如：


不可使用甲醇作為有機相，因為酸性基團與甲醇發生酯化反應而被改性（稀釋劑中的少量甲醇影響可以忽略），特別要注意避免管路殘留的甲醇被沖洗進色譜柱。
氨基柱：
1. 水相高的時候易發生固定相（氨丙基）水解而發生柱流失；
2. 氨基身會電離而產生強堿性環境而腐蝕硅膠，因此在弱酸性條件下穩定性更好；
3. 易與醛類化合物（如還原性糖：葡萄糖等） 、芳香羰基化合物發生席夫堿反應，而死吸附化合物并改性色譜柱，影響重現性：
4. 盡量保存在純有機相中，以避免發生水解反應和自身電離產生強堿性條件而腐蝕硅膠。